Kalanrehupellettien tuotantolinjojen tuotantokustannukset ovat korkeat.

Monet ihmiset ovat huolissaan siitä, että kalanrehupellettikoneiden investointikustannukset ovat liian korkeat ja kannattamattomia. Itse asiassa kalanrehupellettikoneiden sijoitetun pääoman tuotto on suhteellisen huomattava. Vaikka alkuinvestointi voi olla suuri, pitkällä aikavälillä kotitekoinen rehu voi merkittävästi alentaa rehukustannuksia, etenkin kun markkinahinnat vaihtelevat suuresti, jolloin kotitekoisen rehun edut tulevat entistä selvemmiksi. Kotitekoista rehua voidaan formuloida vesiviljelyn tarpeiden mukaan, mikä parantaa viljelyn tehokkuutta entisestään.